Głównym elementem przyrody Parku są lasy, które stanowią około 80% jego powierzchni i są efektem działalności człowieka. Podstawowym gatunkiem lasotwórczym jest sosna zwyczajna (w tym 90% drzewostanów o przeciętnym wieku 75 lat). Z badań palinologicznych wiadomo, że już ok. 5000 lat temu obszar ten porastały lasy liściaste (grądy) i mieszane z przewagą dębu, a na zachód od Sztutowa liczniej występowały lasy iglaste. Taki skład lasów utrzymał się na ogół do końca XVII w. W XVIII w. Mierzeję odlesiono, co uruchomiło piaski wydmowe i spowodowało konieczność wprowadzenia drzewostanów ochronnych. Aktualnie następuje przebudowa niezgodnych z siedliskiem drzewostanów sosnowych w kierunku lasów mieszanych.

  Przede wszystkim Mierzeja Wiślana jest ważnym punktem na trasie europejskich wędrówek ptaków oraz unikalną ostoją lęgową wielu ptaków wodno-błotnych (szuwary nadzalewowe, ujście Wisły). Z pewnością  jest to też jedno z niewielu miejsc na polskim wybrzeżu, gdzie można obserwować akumulację piasku morskiego. Poza tym jest tu prawdziwa, naturalna, dzika przyroda.